Состав комиссии утвержден распоряжением Кабмина от 9 января 2007 года.
Членами комиссии назначены главы Главного контрольно-ревизионного управления Николай Сивульский, Государственной налоговой администрации Сергей Буряк и Государственной таможенной службы Валерий Хорошковский.
Также членами комиссии назначены глава Национальной комиссии регулирования электроэнергетики Валерий Кальченко и министр экономики Богдан Данилишин.

Правительство включило в состав комиссии первого замминистра внутренних дел Михаила Клюева, первого замминистра юстиции Евгения Корнийчука и замминистра финансов Владимира Матвийчука.
Кроме того, туда вошли замминистр по вопросам жилищно-коммунального хозяйства Анатолий Козленко, замминистр Кабинета министров Владимир Павленко, замглава Фонда госимущества Дмитрий Парфененко.
Членами комиссии также назначены замглавы-начальник следственного управления СБУ Николай Герасименко, заместитель генпрокурора Василий Присяжнюк, прокурор Ривненской области Алексей Баганец и два народных депутата Александр Гудыма и Андрей Кожемякин.
Глава комиссии уполномочен вносить изменения в ее состав в случае необходимости.
Межведомственная комиссия, согласно распоряжению правительства, должна провести проверку деятельности "Нафтогаза Украины" в 2006-2007 годах.
По результатам проверки комиссия должна предоставить выводы и предложения, направленные на стабилизацию финансового состояния государственного холдинга.
Комиссии также поручено обратиться в Тендерную палату Украины с просьбой предоставить информацию о тендерных закупках, проведенных НАКом за последние два года.
Правительство поручило Министерству топлива и энергетики и "Нафтогазу Украины" содействовать межведомственной комиссии.